איגוד רופאי בריאות הציבור מתנגד נחרצות להצעת החוק שתאפשר למשרד הבריאות להעביר לידי משרד החינוך ורשויות מקומיות מידע על המתחסנים. גם הרשות להגנת הפרטיות במשרד המשפטים מתנגדת לכך ומנמקת: החוק איננו נחוץ ויגרום לפגיעה משמעותית בפרטיות. באגודה לזכויות האזרח מוסיפים: "בניגוד לחוק זכויות החולה, המאפשר העברת מידע רפואי רגיש אולם רק בהסכמת המטופל, נוסח תזכיר החוק החדש מאפשר את העברת המידע הרפואי מקופות החולים ללא ידיעתו של המטופל.
לפי יוזמת שר הבריאות יולי אדלשטיין יוכנס תיקון בפקודת בריאות העם, כך שבהוראת שעה יוכל משרד הבריאות להעביר מידע על מתחסני קורונה לרשויות מקומיות ובעיקר למשרד החינוך כדי שבדרך זאת ניתן יהיה לאתר מתנגדים והססני חיסון. אולם ליוזמה קמו מתנגדים רבים.
במסמך מיוחד שעליו חתמו עו"ד ד"ר שלי קמין- פרידמן ממכון זולת וכן פרופ' נדב דוידוביץ', יו"ר איגוד רופאי בריאות הציבור, פרופ' חגי לוין מהאוניברסיטה העברית והדסה, היו"ר לשעבר של האיגוד, ד"ר ערן קופל, מזכיר איגוד רופאי בריאות הציבור וכן עו"ד ד"ר מאיה פלד רז, עו"ד ראש המגמה לבריאות הקהילה בבית הספר לבריאות הציבור באוניברסיטת חיפה הם מפרטים את הטעמים להתנגדותם לתזכיר החוק, ובין השאר כותבים: "המידע הרפואי המרוכז בידי קופות החולים הוא משאב חשוב לקידום מבצע החיסונים והוא משמש עבור קופות החולים כלי לתיעדוף החיסונים על פי גיל ומחלות רקע. בכוחן של הקופות לפעול לעידוד היענות המבוטחים שלהן שטרם התחסנו באמצעות הסברה ואף סיוע אישי בנגישות לחיסון. עם זאת, את המידע שבידי קופות החולים על המבוטחים, ובכלל זה מידע אם המבוטח התחסן ואם לאו, יש לשמור בסוד".
עוד הם מציינים כי בהתאם לסעיף 19 (א) לחוק זכויות החולה משנת 1996, מטפל או עובד מוסד רפואי ישמרו בסוד כל מידע הנוגע למטופל שהגיע אליהם תוך כדי מילוי תפקידם או במהלך עבודתם. לדבריהם, חשיפת מידע אישי מהתיק הרפואי של המבוטח והעברתו לידי נציג הרשות המקומית או מנכ"ל משרד החינוך, מהווה הפרה של חובת הסודיות שנקבעה בדין לגבי ענייניו הפרטיים של אדם. חוק המתיר לקופות החולים להעביר לגורם אחר את המידע הרפואי שברשותן מנוגד להוראה מפורשת בחוק יסוד: כבוד האדם וחירותו, לפיה "כל אדם זכאי לפרטיות ולצנעת חייו". כל חוק יזכה ללגיטימציה רק אם יוכח כי תכליתו ראויה ויישומו מידתי.
גם הרשות להגנת הפרטיות מצאה שורה של פגמים בהצעת החוק ובתגובתה הדגישה, בין השאר, כי המשפטנים ביחידה זאת חולקים על הנחת המוצא שבבסיס תזכיר החוק ולפיה ראוי שרשות מקומית תקבל מידע רפואי רגיש על תושביה. "ככלל, הרשויות המקומיות אינן מקבלות מידע רפואי על אודות תושביהן, ועידוד התחסנות איננו מסוג הפעולות שרשות מקומית מבצעת.
ביקורת חריפה הציגה בתגובתה גם האגודה לזכויות האזרח. בניגוד לחוק זכויות החולה, המאפשר העברת מידע רפואי רגיש אולם רק בהסכמת המטופל, נוסח תזכיר החוק החדש מאפשר את העברת המידע הרפואי מקופות החולים ללא ידיעתו של המטופל. "פגיעה בפרטיות ובחיסיון הרפואי היא פגיעה קשה ביותר והתקדים של העברת מידע רפואי ללא הסכמה לרשויות אחרות הוא תקדים מסוכן. היא נדרשת רק כאשר קיימת הצדקה מיוחדת ובעלת משקל של ממש – והצדקה כזאת לא קיימת", כתב עו"ד גיל גן-מור מהאגודה לזכויות האזרח בתגובתו לתזכיר החוק ששלח ליועץ המשפטי של משרד הבריאות עו"ד אורי שוורץ. לדברי גן-מור, "העברת המידע יוצרת סכנה לכך שהמידע הזה יזלוג, יודלף או יעשה בו שימוש פסול כמו ביוש פומבי (שיימינג) של תושבים או עובדים ואף התנכלות לעובדים במקום העבודה שלהם או בשירותים עירוניים".