מחלות מעי דלקתיות (IBD) הן מורכבות וכוללות גורמים גנטיים וסביבתיים. עישון סיגריות הוא בעל השפעות מזיקות למחלת קרוהן ומועילות לקוליטיס כיבית, אך המנגנונים של השפעות אלה אינם ברורים.
החוקרים בדקו את הרכב החיידקים ברוק, בצואה ובדופן המעי ואת פרופיל החומרים בצואה של חולי IBD ואנשים בריאים. השפעות החיידקים הקשורים לעישון על מערכת החיסון במעי ועל קוליטיס נבדקו במודלים של עכברים עם קוליטיס כיבית ומחלת קרוהן.
התוצאות הראו כי חולי קוליטיס כיבית שעישנו הראו ריכוזים גבוהים יותר של חומצות שומן קצרות וחומרים ארומטיים בצואה לעומת אלה שהפסיקו לעשן. אנליזה של החיידקים בדופן המעי הראתה כי עישון היה קשור לעלייה בחיידקי פה בדופן המעי. איכלוס מבחוץ של מעי של עכברים עם חיידק הפה, סטרפטוקוקוס מיטיס, גרם לעלייה במעי של תאי T המייצרים את הגורם האימונולוגי – אינטרפרון. אותו חיידק הפחית דלקת במודל העכברים של קוליטיס כיבית אך החמיר את הדלקת במודל עכברים של מחלת קרוהן.
החוקרים הסיקו כי עישון טבק משפיע על מערכת החיסון במעי על ידי שינוי באוכלוסיית חיידקי דופן המעי. הממצאים מסבירים איך עישון יכול להועיל לקוליטיס כיבית ולהזיק למחלת קרוהן ומדוע חולי קוליטיס כיבית שמפסיקים לעשן חווים החמרה במחלה: חיידק הפה סטרפטוקוקוס מיטיס גורם להופעת תאי Th1 מסייעים, שהם חלק חשוב בתגובה החיסונית של המעי לפולשים. במחלת קרוהן, זה כנראה מחמיר את המצב מפני שהדלקת הראשונית נגרמת מאותם תאי Th1. לעומת זאת, בקוליטיס, תאי Th1 נלחמים נגד תגובה חיסונית ראשונית מסוג Th2, וזה בסופו של דבר מפחית את הדלקת. עם זאת, מכיוון שעישון סיגריות מהווה סיכון גבוה ללקות בסרטן, מחלות לב ומחלות רבות אחרות, הוא אינו טיפול בר-קיימא עבור קוליטיס כיבית.

